»Sagrada Reset« spielt in Sakurada, einer Stadt an der Küste des Pazifiks. So normal die Stadt von außen auch wirken mag, so ungewöhnlich ist sie, denn fast die Hälfte ihrer Einwohner verfügt über die mitunter seltsamsten Superkräfte. Überwacht und effektiv kontrolliert werden diese Kräfte durch die Organisation Bureau, die so manchen Anwender allein deswegen einsperrt, weil dessen Fähigkeit einfach zu mächtig bzw. gefährlich erscheint. Kei Asai geht in dieser Stadt zur Schule und besitzt die Fähigkeit, jegliche Erinnerung zu jeder Zeit abrufen zu können; nicht einmal Manipulation kann sie beeinflussen. Das erweist sich als potenziell nützlich, als seine Schulfreundin Sumire ihn mit Misora Haruki bekannt macht – mit einem Mädchen, deren Fähigkeit »Reset« sie die Zeit in ihrer Heimstadt um drei Tage zurückdrehen lässt – und niemand außer Kei kann sich an die effektiv entfernte Zeit erinnern.